Bestehende, zumeist ältere Schutzgebiete (Naturschutzgebiete, Geschützte Landschaftsbestandteile, Flächennaturdenkmale) werden mittels Schutzwürdigkeitsgutachten auf ihre aktuelle Schutzwürdigkeit geprüft. Ebenso wird dieses Instrument angewendet, um neu geplante Schutzgebiete auf Schutzbedürftigkeit und Schutzwürdigkeit zu untersuchen. Oft sind Schutzwürdigkeitsgutachten mit ihrer detaillierten floristischen und faunistischen Bestandsaufnahme eine wesentliche Grundlage zur Erarbeitung der Pflege- und Entwicklungspläne.